CLB Navibank Sài Gòn có tiền thân là CLB bóng đá Quân khu 4, một trong những đội bóng quân đội có bề dày về truyền thống và thành tích thi đấu.

Năm 2006, Quân khu 4 chính thức giành quyền lên chơi ở giải hạng Nhất quốc gia. Mùa giải hạng nhất năm 2006, mục tiêu trụ hạng mà Ban lãnh đạo Quân khu 4 đề ra đã được đội bóng hoàn thành.

Mùa giải 2007, Quân khu 4 gặp phải khó khăn về tài chính, ngân sách dành cho đội bóng trong cả mùa giải hạng Nhất 2007 chỉ là 1 tỷ ( bằng 1/8 mức trung bình các đội bóng khác). Chính sự khó khăn này đã ảnh hưởng phần nào đến thành tích của đội. Kết thúc mùa giải, Quân khu 4 đứng vị trí thứ 11 trong bảng xếp hạng.

Vào mùa giải hạng nhất 2008, tuy Ban lãnh đạo câu lạc bộ chỉ đặt mục tiêu thăng hạng chuyên nghiệp, Quân khu 4 đã giành vị trí vô địch giải bóng đá hạng nhất quốc gia năm 2008.

11/2009, CLB QK4 được mua lại và đổi tên thành CLB Navibank Sài Gòn.